L'archipel est conquis dans son intégralité par la dynastie Ishizumi, pour la première fois de l'Histoire, contre les dernières poches de résistance du peuple Ebisu. La première volonté du shogunat est d'appeler son pays « Nihon ».
Face à la présence lancinante des yōkai, des êtres humains extrasensibles, capables de distinguer vaguement la silhouette de ces monstres, se réunissent pour faire front contre ce mal. Ensemble, ils développent une puissante affinité avec l'énergie spirituelle.
De concert avec la chute de la dynastie Ishizumi, les neuf seigneurs ralliés au pouvoir déclarent leur indépendance. Si le feu shogunat agissait comme un état fédéral, les régions développent leurs propres mœurs, alliances, et lois.
À force d'étudier l'énergie spirituelle pour en découvrir les secrets, les affins deviennent malgré eux des esprits errants. Ils ne ressentent plus la faim, la soif, ou la fatigue. Devenus invisibles, ils ressemblent désormais aux yōkai qu'ils s'étaient jurés de combattre.
Après une décennie d'introspection, les âmes errantes fondent la Soul Society, et prennent le nom de Shinigami (i.e. « dieu de la mort »). Ils se jurent de protéger l'Humanité des yōkai, sans toutefois intervenir dans sa politique intérieure.
Face à la recrudescence d'âmes ancrées au monde et incapables de rejoindre l'au-delà, la Soul Society décide de créer un réservoir spirituel sur Edo, la plus grande ville de l'Est. Ce monde dans le monde, le Seireitei, a pour but de recueillir les âmes purifiées du monde réel.
La multiplication des âmes ancrées au monde, saines comme viciées, demande une meilleure organisation. Les Pères de la Soul Society forment le Concile Blanc, chargé de superviser le sort des entités spirituelles. Ils délèguent leurs pouvoirs au Capitaine-Commandant, la figure de proue de leur nouvelle armée, tandis qu'ils se chargent d'enquêter sur la source du problème.
Soutenu par les récentes recherches des Pères de la Soul Society, le Concile Blanc décide de codifier le Kidō (i.e. la Voie de la Nécromancie) pour en limiter l'usage. Toute personne utilisant un sortilège non compris dans le codex des Cents Arcanes est menacée d'exécution.
Suite à la requête du Sotaicho (i.e. Capitaine-Commandant), les premiers zanpakutō sont créés. La moindre maîtrise nécessaire à l'usage d'une arme-esprit, par rapport au Kidō, permet l'élaboration d'une armée grandissante.
Le Sotaicho forme personnellement ses Dix Capitaines, et les charge de superviser chacun une région du Nihon. Chaque Capitaine dispose des pleins pouvoirs sur leur territoire, comme sur les shinigami chargés de leur obéir. Chaque Division commence à se spécialiser, en fonction de la personnalité des Premiers Capitaines.
Le Concile Blanc interdit l’usage récréatif des zanpakutō, jugés trop dangereux après observation de leur potentiel, et scelle ceux des émissaires sur le terrain. Les shinigami doivent demander l’autorisation à leurs supérieurs pour avoir accès à leur panel entier, en fonction du danger. Les Cinq Cercles de Désolation sont créés.
La dynastie Hitorine, soutenue par les seigneurs de Hokkaidō, Tōhoku, Kantō et Chūbu (i.e. les régions septentrionales) assoit son autorité sur Nihon. Le second shogunat décide d'administrer depuis le cœur de l'Orient : Edo.
Le Sotaicho réhabilite les shinigami à se servir de leur zanpakutō. Une décision décriée par le Concile Blanc, qui sera toutefois adoptée suite à une hausse de l’activité des yōkai. Des premières voix s'élèvent contre l'Humanité grandissante, l'accusant de faire apparaître ces démons.
Sakamoto Ryōma, Capitaine de la 8ème Division, assassine dans le secret un puissant daimyō du shogunat. Les seigneurs de Kyūshū, Chūgoku, Shikoku et Kansai (i.e. les régions méridionales) profitent de cette faille pour se rebeller et déstabiliser l’ordre établi. La Guerre des Frères d'Armes durera plus d’un siècle et demi, causant des dizaines de milliers de morts. La Soul Society, invisible, essaie de rester neutre.
En pleine guerre civile, les scientifiques de la coalition de l'Est déterrent du charbon des sols de Hokkaidō pour développer une nouvelle technologie. Le schéma d'une ligne ferroviaire, le Shinkansen, est ratifié par le seigneur de la région de Tōhoku. De leur côté, les shinigami se servent de leur énergie spirituelle pour transcender la technologie, pour lutter contre des yōkai de plus en plus insistants.
Le Dangai, l'espace infini qui borde Nihon, est arpenté pour la première fois. Nul ne sait où ces voies de vide mènent. Par demande directe du Concile Blanc, le Capitaine de la 4ème Division, supervisant une garnison mobile à l'effectif réduit, décide de se concentrer sur ce problème.
Les mines de charbon connaissent un soudain essor. Les premiers prototypes de poudre noire sont mis à l'expérimentation. Grâce à cette nouvelle arme inespérée, Serizawa Kaiun, un jeune général de l’Est, accable les armées de l’Ouest de plusieurs défaites consécutives. Le peuple, victime de cette rivalité entre seigneurs, ne tarde pas à se rallier à ce guerrier charismatique. Il invoque l’espoir de la paix.
Une quantité affolante d'énergie spirituelle, à même de plier la réalité, apparaît sur une île lontaine de la région de Kyūshū, à l'extrême sud-ouest. À la suite d’une bataille durant trois jours et trois nuits, le Sotaicho et ses Dix Capitaines se sacrifient pour éradiquer la menace. Un deuil national est décrété dans la Soul Society. À la suite de cette Journée Sanglante, le Concile Blanc reprend la tête de la Soul Society.
Adulé par le peuple, et respecté par les soldats, Serizawa Kaiun met un terme au conflit armé. Les régions prêtent allégeance au nouveau shogun, qui installe son siège politique à Edo. Les daimyō ennemis sont conspués, et bannis sur l’île « maudite » de Sado, au large de la région de Tōhoku. Après 150 ans de guerre civile, Nihon connait de nouveau la paix.
Après deux ans d'errance sans Sotaicho, le Seireitei élit Kichi Koshiro à la tête de l'Armée. Sa première décision est de réformer le Goteijūtai pour créer le Nouvel Ordre, sacrifiant les Dix Divisions pour Quatre Axes de spécialité. Le pouvoir est centralisé à la capitale, et les QG sont relayés au rang d'avant-postes. De plus, face aux Factions faisant leur entrée en scène, notamment lors de l'attaque du Seireitei par le Prophète Calamité, le Nouvel Ordre met l'accent sur la qualité de l'entraînement de ses soldats.